Bài giảng Sinh vật thực phẩm - Chương 1: Các phương pháp xác định vi sinh vật trong thực phẩm

CHƯƠNG 1CÁC PHƯƠNG PHÁP XÁC ĐỊNH VI SINH VẬT TRONG THỰC PHẨMCHƯƠNG 1MỘT SỐ PHƯƠNG PHÁP XÁC ĐỊNH VI SINH VẬTI. 1. HĨA CHẤT VÀ MƠI TRƯỜNG PHÂN TÍCH VI SINH VẬTTrong phân tích, kiểm nghiệm vi sinh vật, mơi trường cần cho việc tăng sinh, phân lập, phân biệt, nhân giống, cấy chuyền, bảo quản, định danh vi sinh vật Mơi trường cần chứa đầy đủ các thành phần về nguồn carbon, đạm, khống và vi lượng  và cĩ các điều kiện lý hĩa thích hợp* Theo nguồn gốc	- Tự nhiên 	- Tổng hợp	- Bán tổng hợp* Theo trạng thái vật lý	- Lỏng (Brothe)	- Rắn	- Bán lỏng (bán rắn) PHÂN LOẠI MƠI TRƯỜNG NUƠI CẤY VSVPHÂN LOẠI MƠI TRƯỜNG NUƠI CẤY VSV* Theo mục đích	- Mơi trường tiền tăng sinh 	- Mơi trường tăng sinh 	- Mơi trường chọn lọc 	- Mơi trường phân biệt 	- Mơi trường thử nghiệm sinh hĩaPHƯƠNG PHÁP PHA CHẾ MƠI TRƯỜNGMơi trường tự pha chếChẩn bị nguyên liệu: Cân, đong thành phầnPha chế: Hịa tan, bổ sung agar (mơi trường rắn)LọcĐiều chỉnh pHPhân phối vào dụng cụHấp khử trùng (1210C/30p)Mơi trường đơng khơ: Được sử dụng phổ biến trong các phịng kiểm nghiệm vi sinhCân lượng mơi trườngBổ sung nước (theo tỷ lệ), hịa tanPhân phối vào dụng cụ chứaHấp khử trùng (1210C/15’)Note: Thơng thường mơi trường được pha chế cĩ giá trị pH thích hợp, khơng cần phải hiệu chỉnh pH sau khi được pha chế .Vi khuẩn gram dương trên mơi trường chọn lọc CAN (Colistan Nalidixic Acid Agar )S. epidermidis và S. aureus trên mơi trường chọn lọc – phân biệt Mannitol Salt Agar (MSA) Mơi trường kiểm tra khả năng sinh IndolMơi trường kiểm tra khả năng lên men Dextrose (Glucose) I.2. KỸ THUẬT LẤY MẪU, VẬN CHUYỂN MẪU VÀ BẢO QUẢN MẪU THỰC PHẨMMột kế hoạch lấy mẫu chi tiết cần cĩ các yếu tố sau: n, c, m, M n: số mẫu thử c: số mẫu được phép nằm trong khoảng lân cận giới hạn (m  c  M) m: khoảng chấp nhận (mật độ vi sinh M; thơng thường 10 x m  MKẾ HOẠCH LẤY MẪU THỰC PHẨMVí dụ: Tiêu chuẩn về tổng số vsv trong sp trứng được thanh trùng Pasteur: n=5, c=2, m= 5.104, M= 106 CFU/25g- Kế hoạch 2 thuộc tính	- Chỉ nêu ra m	- Nếu tất cả các mẫu m hoặc c mẫu trong n mẫu thử >m: Chấp nhận lơ hàng 	- Nếu >c mẫu trong số n mẫu thử >m: từ chối lơ hàng- Kế hoạch 3 thuộc tính	- Đặt ra cả m và M	- Chỉ tiêu “m” thường phản ánh ngưỡng trên của GMP	- Chỉ tiêu “M” đánh dấu giới hạn trên (nguy hiểm/khơng chấp nhận.	- Nếu tất cả các mẫu m hoặc c mẫu trong n mẫu thử nằm trong khoảng >m và M: Chấp nhận lơ hàng	- Nếu >c mẫu trong n mẫu thử nằm trong khoảng >m và M Hoặc cĩ một mẫu >M: Từ chối lơ hàng - Lựa chọn kế hoạch lấy mẫu	- Kế hoạch 2 thuộc tính: Đối tượng vsv quan tâm khơng được phép cĩ trong thực phẩm;	- Kế hoạch 3 thuộc tính: Nếu cho thực phẩm một số lượng nhất định vsv trong một đơn vị thể tích.Mẫu: - Phải mang tính đại diện (nhiều thời điểm, vi trí) - Đ/v mẫu tp đã biết: sử dụng que bơng vơ trùng quét 1 diện tích bề mặt nhất định or cắt lát 2-3mm) Tránh sự tạp nhiễm vi sinh vật ngoại lai (chứa mẫu trong các bình bằng nhựa cĩ nắp vơ trùng) Ghi chú mẫu: thời gian, nhiệt độ, nơi lấy mẫu, phương tiện vận chuyển, KẾ HOẠCH THU MẪU THỰC PHẨMNơi lấy mẫuThời điểm lấy mẫuSố lượng mẫu cần lấy1Chỉ tiêu VSVkiểm traQui mơ nhỏQui mơ vừaQui mơ lớn CSGMtrâu bịSau khi khám thịt, trước khi đưa thân thịt đi tiêu thụ/sơ chế hoặc trước khi làm lạnh, mẫu được thu thập trong vịng 30 phút. 1 - 34 - 67 - 12- VKHK TS- Enterobacteriaceae- SalmonellaCSGM lợnSau khi khám thịt, trước khi đưa thân thịt đi tiêu thụ/sơ chế hoặc trước khi làm lạnh, mẫu được thu thập trong vịng 30 phút. 1 - 34 - 67 - 12- VKHK TS- Enterobacteriaceae- SalmonellaCSGM cừu, dê, chĩ, ngựaSau khi khám thịt, trước khi đưa thân thịt đi tiêu thụ/sơ chế hoặc trước khi làm lạnh, mẫu được thu thập trong vịng 30 phút. 1- 34 - 67 - 12- VKHK TS- Enterobacteriaceae- SalmonellaPhương pháp lấy mẫu thịtNơi lấy mẫuThời điểm lấy mẫuSố lượng mẫu cần lấy1Chỉ tiêu VSVkiểm traQui mơ nhỏQui mơ vừaQui mơ lớn CSGM gia cầm2Sau khi đưa thân thịt đi làm lạnh ít nhất 1,5 giờ (cả trong kho làm lạnh chúng hoặc sau khi treo thân thịt lại trên dây) hoặc trước khi đưa đi tiêu thụ/sơ chế.1 - 34 - 67 - 12- VKHK TS- Enterobacteriaceae- Salmonella- CampylobacterCơ sở pha lọc/sơ chếSau khi lọc xương, bắt đầu làm lạnh hoặc đơng lạnh tiếp theo, thu thập mẫu là các miếng thịt pha lọc, thịt sơ chế hoặc thịt xay trước khi bao gĩi chân khơng hoặc bao gĩi kín.1 - 34 - 67 - 12- VKHK TS- E.coli- Salmonella- VSV khác khi yêu cầuCơ sở bảo quản (Kho lạnh)Trong kho lạnh, tại thời điểm bảo quản mẫu. Mẫu lấy là thịt lạnh hoặc lạnh đơng tại 5 điểm: 4 gĩc và 1 giữa. Gộp lại là 1 mẫu.Cho 1 kho lạnh lấy 5 đơn vị mẫu tại 5 vị trí.- VKHK ưa lạnh- Enterobacteriaceae- Salmonella Các sản phẩm lạnh đơng:- Lau cồn phía ngồi PE- Đặt vào khay tráng men đã vơ trùng- Đưa vào buồng vơ trùng để rã đơng tự nhiên (T0 phịng); 2-50C (18h); 450C (15 phút) Mẫu đồ hộp: - Kiểm tra hộp cĩ bị phồng, biến dạng, hở - Lau chùi bằng cồn bên ngồi- Đưa vào phịng vơ trùng để kiểmCác sp bao bì, nylon, thủy tinh - Kiểm tra độ kín của bao bì- Lau cồn phía ngồi- Đưa vào phịng vơ trùng để kiểmTrong quá trình vận chuyển: - Mẫu phải được bảo quản ở -200C cho đến khi phân tích (0-40C) Mẫu phải xét nghiệm trong vịng 36h (6h) Vi sinh vật cĩ thể bị tổn thương nên trong 	nhiều trường hợp cần giai đoạn tăng sinh.VẬN CHUYỂN VÀ BẢO QUẢN MẨU THỰC PHẨM	- Giải đơng mẫu trước khi phân tích	. Đk vơ trùng (2-50C trong 18h, 450C trong 15 phút kết hợp lắc bình chứa mẫu để tăng tốc độ giải đơng và đồng nhất nhiệt độ trong mẫu)	- Đồng nhất mẫu	. Đk vơ trùng, mẫu lỏng (lắc kỹ), mẫu rắn (stomacher)	- Cân mẫu 	. Đk vơ trùng, sai số cho phép ± 0,1g	. Định tính: 10g; định lượng: 25g CHUẨN BỊ MẪU THỰC PHẨMStomacherSP đặc hồn tồn:	10g(25g) mẫu → nghiền nát trong cối sứ vơ trùng → Erlen cĩ chứa sẵn bi thủy tinh và 90ml (225ml) nước cất vơ trùng hoặc nước muối sinh lý → lắc đều, lắng cặn → hút phần dịch để cấy mẫu, độ pha lỗng 10-1 (10-2)Các sp vừa đặc vừa lỏng:Cân 100g mẫu (cả cái lẫn nước) → cối nhỏ vơ trùng, nghiền → cân 10g (dịch nghiền) → Erlen (90ml NMSL + bi thủy tinh) → lắc đều, để lắng cặn → hút phần dịch để cấy mẫu.Sp lỏng hồn tồn: - Sử dụng trực tiếp mẫu hoặc pha lỗng tùy theo mức độ nhiễm bẩn.	- Lắc kỹ bình chứa mẫu, hút 10ml mẫu cho vào Erlen cĩ sẵn 90ml nước cất hay nước muối sinh lý tiệt trùng (độ pha lỗng 10-1)- Dung dịch pha lỗng: Tốt hơn nên dùng nước pepton 0,1%; nước muối sinh lý (0,85%), trong buffer nếu cần.I. 3. THỬ NGHIỆM SINH HĨATrong kỹ thuật phân tích vi sinh vật- Định danh vi sinh vật: dựa vào	- Các đặc điểm về kiểu hình	- Các p/ư sinh hĩa được thực hiện bởi các chủng vi sinh vật- Các p/ư sinh hĩa cĩ thể thực hiện theo 3 cách:	- Truyền thống	- Bộ KIT	- Thiết bị tự độngTRUYỀN THỐNGXác định khả năng sử dụng một nguồn carbon nhất định bởi vsv để tăng trưởng theo con đường lên menSp (rượu, acid hữu cơ, CO2) tạo thành làm giảm pH mơi trường → thay đổi màu mơi trường CO2 tạo ra được bẩy bằng ống durham làm nổi ống.Thử nghiệm khả năng lên men Thử nghiệm khả năng lên men++-- Mơi trường sử dụng: Phenol Red broth base: đỏ (pH 7,4) → vàng (pH 6,8) Dùng để định danh các vsv thuộc họ Enterobacteriacea (vk đường ruột): E.coli, Klebsiella, Staphylococcus (+); Corynebacterium (-)Thử nghiệm khả năng oxy hĩa – lên men (TN Hugh –Leifson)Xác định vi sinh vật dị dưỡng cần cung cấp nguồn carbon dưới dạng chất hữu cơ, thường là carbonhydrate. Vsv sử dụng CBH này làm nguồn năng lượng theo con đường lên men hay hơ hấp Quá trình lên men thường tạo mơi trường cĩ tính acid cao hơn quá trình hơ hấp. Mơi trường Hugh- Leifson cĩ chỉ thị pH là bromothymol blue (pH = 6.0: vàng; pH= 7,6: xanh dương)Thử nghiệm Hugh – Leifson- 2 ống nghiệm chứa mt hugh-Leifson; 1 ống được phủ paraffin lỏng vơ trùng trên bề mặt mơi trường. Cấy đâm sâu vsv, ủ 24-48h trong cùng đkSau p/ư: Lên men: cả 2 ống bị oxh đều từ trên bề mặt và phần sâu của mt Hơ hấp: ống kị khí bị oxh đều từ trên bề mặt xuống phần sâu của mt; ống hiếu khí chỉ bị acid hĩa ở phần đáy Thử nghiệm Hugh-Leifson Phân biệt vi sinh vật dựa trên khả năng thủy phân liên kết glucoside trong esculin thành esculentin và glucose Esculentin p/ư với muối sắt tạo phức hợp màu nâu hay đen MT: Aesculin Medium hay Edwards Sau p/ứ: hĩa nâu hay đen (+); ko đổi màu (-)Thử nghiệm Bile Esculin Thử nghiệm Bile Escusin+ - Thử nghiệm khả năng biến dưỡng citrate Citrate được sử dụng làm nguồn carbon duy nhất của vsv. Sp biến dưỡng citrate thay đổi tuỳ vào pH mơi trườngpH kiềm: acetate và formatepH trung tính: acetate và CO2pH acid: acetoin và lactateMt Simmons citrate chứa chất chỉ thị màu Bromothymol blue ở pH trung tính cĩ màu xanh lục, pH kiềm cĩ màu xanh dương (pH>7,6). Sau p/ư: mt cĩ màu xanh lục (-); xanh dương (+)+-Mơi trường Simmons citrate agar cĩ chất chỉ thị màu bromothymol blue.Sau phản ứng: Xanh lục (-); xanh dương (+)+-- Mơi trường manolate broth cĩ chứa bromothymol bueSau p/ư: Xanh lục (-); xanh dương (+)Thử nghiệm khả năng biến dưỡng malonateThử nghiệm catalase Phân biệt vi sinh vật hiếu khí và vi sinh vật kị khí VSV hiếu khí cĩ enzyme catalase cĩ khả năng phân giải H2O2 → H2O và O2 Thí nghiệm: 	H2O2 30% (giữ lạnh)→ nhỏ 1 giọt sinh khối vsv lên 1 giọt H2O2 	Sủi bọt (+): Bacillus, Micrococcus, Staphylococcus	Khơng xuất hiện bọt khí (-): Clostridium, Streptococcus Thử nghiệm catalase-++-Thử nghiệm decarboxylase Phân loại và định danh các loại vi khuẩn đường ruột dựa trên loại enzyme decarboxylase xúc tác phản ứng phân giải 1 a.a đặc trưng → CO2 → tăng pH mơi trường Cĩ 3 loại enzyme: ODC, LDC và ADC (ADH) Mơi trường Decarboxylase basal medium chứa chỉ thị bromocrezol purple và 1 loại a.a (ornithin, lysin, arginin) Sau p/ư: Vàng (-), tím (+)Thử nghiệm decarboxylase-+Thử nghiệm coagulaseĐịnh danh Staphylococcus, lồi này cĩ khả năng tiết enzyme coagulase làm kết tụ các thành phần huyết tương tạo khối đơng huyết tươngThử nghiệm được thực hiện với huyết tương thỏ hay người dạng đơng khơ Tiến hành trên phiến kính/ống nghiệmSau p/ư (khoảng 4 phút)	Xuất hiện đám ngưng kết: +	Ko cĩ p/ư ngưng kết: -Thử nghiệm Coagulase+-Thử nghiệm ureaseXác định khả năng tạo enzyme urease của 1 số vsv, đặc biệt là nhĩm ProteusEnzyme này xúc tác p/ư phân giải ure thành NH3 và CO2 → tăng pH mơi trườngMơi trường lỏng Rustigian Stuart’s Urea broth hay mt đặc Christensen Urea chứa chỉ thị đỏ phenol Sau p/ư: khơng đổi màu (màu vàng cam): -; đỏ tím:+ Thử nghiệm urease-++++++Thử nghiệm genlatinase Đánh giá khả năng tiết enzyme genlatinase phân giải genlatine thành polypeptide và a.a Mơi trường nuơi cấy vsv được bổ sung gelnatine hoặc nuơi cấy vsv trên mt gelatine cĩ bổ sung 5-10ml trichloacetic acid TCA là kết tủa gelatine. Sau p/ứ:	Ống nghiệm thạch nghiêng bị tan chảy: +	Khơng thay đổi trạng thái: - * Chủng vsv: Aeromonas hydrophyla (+); E.coli (-) Thử nghiệm gelatinase+-Thử nghiệm khả năng sinh H2SXác định khả năng phân giải các a.a chứa lưu huỳnh (cystein, cystin, methionin) → H2S nhờ enzyme desulfuahydrase H2S tạo kết tủa màu đen với chỉ thị sulfide (Fe II, Fe III, amonium sulfate sắt ) chứa trong mơi trườn. Mơi trường thử nghiệm: KIA, TSI, SIM, PIA, BSA Sau nuơi cấy: Xuất hiện màu đen (+), ko xuất hiện màu (-) VSV: E.coli (+), Klebsiella (-), Proteus mirabilis (-)Thử nghiệm khả năng sinh H2SThử nghiệm khả năng sinh indolXác định khả năng chuyển hĩa các sp trung gian của quá trình oxy hĩa thành indol. Indol được xác định nhờ p/ứ với thuốc p- dimethylaminobanzaldehide tạo phức quinon co màu đỏ MT thử nghiệm: nước trypton, MIU, SIM; thuốc thử là Kovacs và Erlich Sau p/ư: xuất hiện lớp màu đỏ trên bề mặt mt (+), màu vàng (-) VSV: E.coli (+), Klebsiella (-), Serratia marcescen (-), Proteus rettgeri (+)Thử nghiệm khả năng sinh idol-+Thử nghiệm khả năng sinh idolThử nghiệm KIA, TSIMơi trường KIA, TSI sử dụng đồng thời để thử nghiệm khả năng sử dụng các nguồn carbon khác nhau (glucose và lactose) và khả năng sinh H2S.KIA chứa 1%lactose, 0,1% glucose, chất chỉ thị Phenol red; TSI cĩ thêm 1% succroseTrên mt KIA: - glucose (+): Bề mặt cĩ màu đỏ, phần sâu màu vàng- glucose, lactose: cả bề mặt và phần sâu đều cĩ màu vàng- H2S: cĩ màu đen trong thạch và cĩ vết nứt- Thử nghiệm HsS nhờ Na2SO3 trong tp mơi trường và nhận biết H2S nhờ Amonium citrat sắt.Thử nghiệm KIA, TSIThử nghiệm nitrase (khử nitrate) Đánh giá khả năng sử dụng enzyme nitratase để khử nitrate thành nitrite và các sp khác Nitrit tạo thành sẽ được nhận biết nhờ phản ứng với sulphanilamide và N-napthylenediamide hydrochloride ở pH acid cho phức chất màu hồng Mt nitrate broth, sodium nitrate Sau p/ư: khi thêm thuốc thử vào và acid hĩa mơi trườngMàu hồng: +Khơng xuất hiện màu hồng: -Thử nghiệm nitrataseThử nghiệm oxidaseNhằm xác định sự hiện diện của hệ enzyme oxidase ở vsv Hoạt tính oxidase được phát hiện nhờ thuốc thử p-phenylenediamin, nếu cĩ sự hiện diện của enzyme, thuốc thử bị oxy hĩa → indolphenol cĩ màu xanh dương Mơi trường thử nghiệm: nutrient aga; lấy 1 ít sinh khối đặt trên 1 tấm giấy lọc cĩ tẩm thuốc thử p-phenylenediamin Sau thử nghiệm: Xanh dương (+); khơng đổi màu (-)Thử nghiệm oxidaseThử nghiệm ONPGXác định hoạt tính enzyme β-galactosidase tham gia vào quá trình lên men lactose ở vsv. Mơi trường thử nghiệm: ONPG broth chứa o-nitrophenyl – D – galactopyranoside, sp tạo thành o- nitrophenol cĩ màu vàng VSV: Serratia marcescens (+), Proteus rettgeri (-) Sau p/ư: màu vàng (+); ko đổi màu (-)Thử nghiệm ONPG+-Thử nghiệm MR (Methyl Red) Phân biệt vsv dựa vào sự khác biệt trong quá trình tạo và duy trì các sp cĩ tính acid từ sự lên men glucose. VSV lên men glucose tạo và duy trì các sp cĩ tính acid làm đổi màu thuốc thử. Nếu sp acid tiếp tục → các sp trung tính: khơng đổi màu thuốc thử Chất chỉ thị màu pH mt là methyl red Sau thử nghiệm: mt chuyển màu đỏ (+), mt khơng đổi màu (-) VSV: Proteus rettgeri (+), Serratia marcescens (-)Thử nghiệm MR (Methyl Red)	 _ + + +Thử nghiệm VP (Voges-Proskauer)	Thử nghiệm VP (Vosges- Proskauer) Phân biệt các lồi vk trong họ đường ruột Enterobacteriaceae, dựa vào sự oxh acetoin được tạo ra từ 2,3 butadiol thành diacetyl. Diacetyl được xác định dựa vào p/ư kết hợp với guanidine của pepton tạo phức màu đỏ MTTN: MR-VPThuốc thử: Barritt, Koblentz chứa α-naphton và KOH Sau p/ư: màu đỏ (+), ko thay đổi màu (-) VSV: E. coli (-), Enterobacter cloacea (+)- Phân biệt các nhĩm Streptococcus. P/ư CAMP thực hiện giữa nhân tố CAMP của Streptococcus nhĩm B tiết ra và β-hemolysin do Staphylococcus aureus làm tăng hoạt tính của β-hemolysin gây phá vỡ hồng cầu (tan huyết) Thử nghiệm đồng thời chủng staphylococcus aureus và chủng thử nghiệm, 2 đường cấy vuơng gĩc cách nhau 2mmCyclic adenosine monophosphate (cAMP, cyclic AMP or 3'-5'-cyclic adenosine monophosphate) Thử nghiệm cAMP Thử nghiệm CAMP	+- Mttn: Tryptose Blood Agar Base Sau p/ư: cĩ vùng tan huyết (+), khơng cĩ vùng tan huyết (-) VSV: Strep. agalactiar (-), Strep nhĩm B (+) Thử nghiệm tính di độngKHƠNG TRUYỀN THỐNGPhương pháp phát quang sinh học ATP trong giám sát vệ sinh Phương pháp Elisa (Enzyme-linked ImmunoSorbent Assay) Phương pháp lai phân tử (Hybridization) Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction)5. Một số phương pháp thử nhanh khác	- Kỹ thuật phân tách và tăng mật độ	- Kỹ thuật màng petri (petrifilm)	- Kỹ thuật Redigel	- Kỹ thuật độ dẫn điện, trở kháng (conductance/impedance)	- KT đo vi lượng calorie (microcalorimetry)	- KT đo mức phĩng xạPhương pháp phát quang sinh học ATP trong giám sát vệ sinhPhân tử ATP cĩ mặt trong tất cả các tế bào sống, sự phát hiện ATP → nhận biết các chất sống tồn tại.ATP được phát hiện nhờ lượng ánh sáng phát ra thơng qua sự kết hợp với 1 enzyme luciferase nhờ một máy đo ánh sángƯu điểm: nhạy (1pg ATP = 10-12g), nhanh (vài phút)Nhược điểm: đắt tiền, hĩa chất ổn định sự phát sáng, cồng kềnh (đã cĩ sự cải tiến để mang đi được)Cơ chế phản ứngLuciferase + Luciferin + ATP  Luciferase-Luciferin AMP + PPiLuciferase-Luciferin AMP + O2  Oxyluciferin + AMP + CO2 + hv (phát quang)Dụng cụ quẹt bề mặtMáy đo sángDụng cụ quẹt bề mặt Clean - Trace2. Phương pháp Elisa (Enzyme-linked ImmunoSorbent Assay)PP elisaNguyên tắc: Sử dụng kháng thể đơn dịng phủ lên ngồi những đĩa giếng. Nếu cĩ kháng nguyên mục tiêu trong mẫu, kháng nguyên này sẽ được giữ lại trên bề mặt giếng. Nếu bổ sung kháng thể thứ cấp cĩ gắn enzyme như horseradish peroxidase.3. Lai phân tử (Hybridization)Nguyên tắc: dựa vào sự biến tính tách mạch của phân tử DNA tại nhiệt độ nĩng chảy Tm thành 2 mạch đơn (pp đo độ đục)Nếu giảm nhiệt độ đột ngột: khơng cĩ sự tái bắt cặp trở lại Nếu ta giảm nhiệt độ từ từ thì cĩ sự tái bắt cặp của các mạch đơn DNA: các phân tử lai- Đặc điểm của lai phân tửĐặc hiệu tuyệt đối: sự tái bắt cặp chỉ xảy ra giữa hai trình tự hồn tồn bổ sungCác trình tự bổ sung cĩ thể là DNA, RNA dẫn đến hình thành các phân tử lai DNA-DNA, DNA-RNA, RNA-RNAỨng dụng lai phân tử để phát hiện vi sinh vật trong thực phẩm? Định lượng vi sinh vật và độc tố Sử dụng mẫu dị (probes), trên thị trường đã cĩ các bộ kit (clostridium botulinum – Gene-trak; Escherichia coli – Gene-trak; staphylococcus aureus – AccuProbe; )Southern blot methodSouthern blot methodDot & slot bot methodDot & slot bot method4. PHƯƠNG PHÁP PCR (Polymerase chain reaction) Phương pháp PCR dùng để tổng hợp DNA dựa trên khuơn DNA ban đầu, khuyếch đại, nhân số lượng bản sao của khuơn này thành hàng triệu bản sao nhờ enzyme polymerase và một cặp mồi (prime) đặc hiệu cho đoạn DNA này (Karl Mullis và cộng sự, 1985)- Phương pháp PCR cho phép tổng hợp rất nhanh và chính xác từng đoạn DNA riêng biệt. Ðây là phương pháp hiện đại và thuận tiện cho việc xác định sự cĩ mặt của một gen của một đối tượng vi sinh vật với độ chính xác cao.- Hiện nay pp PCR được sử dụng để phát hiện, tạo đột biến gen, chẩn đốn bệnh, phát hiện mầm bệnh cĩ trong thực phẩm  Phản ứng PCR gồm nhiều chu kỳ lặp lại nối tiếp. Mỗi chu kỳ gồm 3 bước: Biến tính: Mạch DNA tách thành mạch đơn (94-950C, 30s) Lai: Các mồi bắt cặp với mạch khuơn (40-700C, 30-60s) Kéo dài: Enzyme polymerase hoạt động, tổng hợp DNA (720C, 30s – vài phút)- Chu kỳ 3 bước lặp lại nhiều lần, sau 30-40 chu kỳ sẽ tạo ra 106 bản saoSau phản ứng PCR, DNA được nhuộm bởi ethidium bromide, quan sát qua điện di sản phẩm PCR trong gel agarose và quan sat dưới tia UVBản điện diMáy điện di đứngMáy điện di ngangMáy luân nhiệt (Máy PCR realtime) DNA polymerase: cần thiết để tổng hợp DNA DNA mạch khuộn: trình tự DNA mục tiêu đặc trưng cho vi sinh vật mục tiêu hoặc là gen quy định việc tổng hợp một loại độc tố của vi sinh vật này Mồi: là những đoạn DNA ngắn cĩ khả năng bắt cặp bổ sung với một đầu của mạch khuơn Các loại nucleotid A, T, X, G; nước, dung dịch đệm, ion Mg2+ Các thành phần của phản ứng PCRQuy trình thực hiện:- Tăng sinh: vi sinh vật được nuơi cấy tăng sinh trong mơi trường chọn lọc (TSB) 10-20 giờ- Thu dịch nuơi cấy, tách chiết DNA vi sinh vật- Thực hiện phản ứng PCR- Điện di trên gel agarose 1,5%, Đọc kết quả trên đèn UVLOCAD-PTS reader [left] and swabbing unit [right] ĐIỆN DI (GEL ELECTROPHORESIS)ĐIỆN DI (GEL ELECTROPHORESIS)Điện di đứngĐiện di ngangĐIỆN DI (GEL ELECTROPHORESIS)ĐIỆN DI (GEL ELECTROPHORESIS)ĐIỆN DI (GEL ELECTROPHORESIS)