Bài giảng tiểu luận Cây sinh dòng virus lở mồm long móng serotype A

Cây sinh dòng virus lở mồm long móng serotype ABài tiểu luận :SVTH : Lê Hoàng Lâm MSSV : 06126069GVHD: PGS-TS Nguyễn Ngọc HảiNội dung trình bày1.Đặt vấn đề 2. Giới thiệu bệnh lở mồm long móng 3. Giới thiệu FMDV 4. Các bước xây dựng cây sinh dòng 5. Kết luận – Đề nghị 6. Tài liệu tham khảo Nước ta là một nước có nền nông nghiệp phát triển. Trong đó ngành chăn nuôi đóng một vài trò quan trọng trong cơ cấu kinh tế của nền nông nghiệpNgành chăn nuôi đang phải đối mặt với nhiều dịch bệnh nguy hiểm lây lan trên diện rộng gây tổn thất to lớn về kinh tếĐặt vấn đềGiới thiệu bệnh lở mồm long móngDo virus thuộc giống Aphthovirus, họ Picornaviridae có 7 type virus gây bệnh lở mồm long móng: O, A, C, S.A.T–1, S.A.T- 2, S.A.T- 3 và ASIA-1. Hiện nay ở nước ta có 3 type gây bệnh là A, O và Asia-1Sự phân bố FMDV trên thế giớiwww.themegallery.comBệnh tíchMiệng có các vết loét ở lưỡi, lỗ chân răng, hầu, thực quản, dạ dày Ở đường hô hấp gây viêm phế quản. Tim bị viêm cấp, van tim bị sùi hoặc loét, lách bị sưng đen, niêm mạc ruột non ruột già xuất huyết điểm, long móng, rụng xương bàn chân. Một vài triệu chứng bệnh lở mồm long móngwww.themegallery.comGiới thiệu về FMDVCấu trúc genome của FMDV FMDV là ARN đơn chuỗi (+) gồm 8.5kb, tương ứng với 2,6.106 (dal) có hệ số lắng 146SVỏ capsid gồm 4 loại protein vỏ: VP1,VP2, VP3, VP4, mỗi loại gồm 60 copywww.themegallery.comClick to edit title styleGenome FMDVvùng không tương đồng (heteropolymeric) một đuôi poly(A)vùng mã hóa (coding region)Vùng 5’ không dịch mã (5’ UTR- Untranslated Region)vùng 3’ không dịch mã (3’UTR) Cấu trúc genome FMDVwww.themegallery.comXây dựng cây sinh dòngGiải trình tựChạy RT-PCRThu tế bào - li trích RNA Các chủng virus nuôi trong môi trường tế bào BHK21 Các bước xây dựng cây sinh dòngPhân tích cây sinh dòngThu hoạch tế bào82 chủng virus được cấy chuyền 3-5 lần trong môi trường tế bào một lớp BHK-21Thu những tế bào bị nhiễm nổi lên trên bề mặt môi trường nuôi cấyLi trích RNAwww.themegallery.comRNA tổng số được li trích bằng kit li trích RNA (Qiagen)Chạy RT-PCR – Giải trình tựTạo cDNAPrimer 20pmolAMV reverse transcriptase 1µlRNA tổng số 10µlHỗn hợp phản ứng cuối cùng 20µlwww.themegallery.comKhuếch đại cDNAwww.themegallery.comPhản ứng khuếch đại PCR của những cDNA được tiến hành sử dụng Hotstar PCR kit(Qiagen)Chu trình nhiệtbiến tính : 94oC trong 1 phútbắt cặp : 55oC trong 1 phút kéo dài : 72oC trong 1.5 phútTinh sạch và giải trình tựSản phẩm PCR được tinh sạch bằng QIAquick kit(QIAGEN). Sản phẩm PCR sau khi được tinh sạch đem đi giải trình tự với fmol Cycle Sequencing kit(promega) và primer Cy5 đã được đánh dấu (antisense 5’-GAAGGGCCCAGGGTTGGACTC)Phân tích kết quả giải trình tựSử dụng một số phần mềm so sánh, phân tích Clustal W, PHYLIP version 3.5c , DNADIST, NEIGHBOR, BOOTSTRAP và CONSENSE, DNASTAR Các trình tự so sánh lấy từ GenBank hoặc EMBLKết quảSự phân nhóm kiểu gen của virus : 82 chủng virus phân thành 10 nhóm chính được kí hiệu I-XCác chủng virus trong cùng 1 nhóm có độ biến động <15%www.themegallery.comCây UPGMA xây dựng từ trình tự gen 1D, biểu thị mối quan hệ di truyền của các chủng FMDV serotype APhân tích sự phát sinh loài trên gen 1DNhững dòng Châu Âu và Nam Mỹ ( bao gồm dòng Indian A10) tạo thành một cụm so với các dòng Châu ÁCác cụm Châu Âu và Nam Mỹ được chia thành 3 dòng với tỷ lệ bootstrap tin cậy khoảng 54-69%. Trong cụm Châu Á, những virus được phân lập gần đây từ Ấn Độ hình thành 2 dòng riêng biệt (kiểu gen VII và VII) với giá trị bootstrap khoảng 57-99% và có vị trí xa nhau trong cây quan hệwww.themegallery.comCây neighbor-joining của FMDV serotype Awww.themegallery.comKết luậnNhững chủng FMDV serotype A từ các phần khác nhau trên trên thế giới có thể được chia ra làm thành 10 genotype phân biệt trong cây UPGMA, mỗi nhánh đại diện cho một vùng địa líNhững genotype này,ngoại trừ genotype IV, hình thành từ những nhánh khác nhau trong cây quan hệ với độ tin cậy bootstrap caowww.themegallery.comĐề nghịTiếp tục tiến hành phân tích các chủng FMDV serotype A , xây dựng cây sinh dòng của các chủng FMDV serotype A được phân lập từ năm 2000 đến nay.Tiến hành phân tích xây dựng cây sinh dòng FMDV các serotype còn lại, đặc biệt là FMDV serotype O và Asia-1 là những serotype phổ biến ở Việt Nam www.themegallery.comTài liệu tham khảo1.Công nghệ sinh học trong thú y – Nguyễn Ngọc Hải – Nhà xuất bản Nông Nghiệp2.Ngành chăn nuôi Việt Nam trong xu thế hội nhập - Hoàng Kim Giao – Cục chăn nuôi3. Genetic analysis of foot-and-mouth disease virus serotype A of Indian origin and detection of positive selection and recombination in leader protease- and capsid-coding regions - S B NAGENDRAKUMAR, M MADHANMOHAN, P N RANGARAJAN and V A SRINIVASAN - November 19, 20014. Phylogenetic analysis of serotype A foot-and-mouth disease virus isolated in India between 1977 and 2000 - C.Tosh, A.Sanyal, D.Hemadri, and R.Venkataramanan5.   www.themegallery.comThank You!Cảm ơn thầy và các bạn đã chú ý lắng nghe và theo dõi